1987年7月14日臺灣宣布解嚴，政治加速民主化，社會更加開放多元。加諸師資培育法的公布，使得臺師大從傳統師資培育大學轉型為綜合型大學，民主的風氣也自社會吹入校園，使師生隨著社會一同進步。
1996年，臺師大文學院與相關團體先行推動四六事件調查作業，再進一步與臺大、監察院共同聘請學者與學生代表組成「四六事件研究小組」。同年4月6日，來自臺師大、臺大共7個社團的學生共同完成並公布了一份針對四六事件所做的文獻調查報告，呼籲兩校四六事件調查小組應加速腳步，並提出將事件載入兩校校史、對受難學生贈予榮譽學位作為補償、於兩校校園立碑紀念、訂4月6日為「臺灣學生日」等訴求。
1997年，臺師大四六事件研究小組提出公布研究報告，考察事件起因、經過及影響，並建議將本案移交監查院調查，為受害人平反。1999年3月，臺師大舉辦四六事件資料展，並透過校園導覽重現歷史事件；同年5月，更在尤信雄代理校長的主持下，召開「四六事件紀念活動及受害學生座談會」。2001年1月，時任教育部長曾志朗代表政府正式向受難學生及家屬道歉，聲明該事件與共產黨的滲透顛覆無關，而是基於社會正義的訴求，四六事件受難者才終於得到來自官方的平反。6月8日，簡茂發校長則於該年的畢業典禮上，追贈四六事件受害者名譽學士學位證書。