1970年，為抗議美國將琉球群島及釣魚臺管轄權移交給日本，由留美美學生發起保衛釣魚臺運動。1971年4月12日，臺大僑生率先赴美、日使館抗議，而後由臺灣島內大學互相串聯發起運動。臺師大學生亦有血書簽名抗議活動，並於校內組織多場活動。1971年10月，中華民國退出聯合國，學生以保釣運動為名，開始組織社團，發起學生運動。
為使活動降溫，《中央日報》副刊於1972年4月4日至9日連載的文章〈一個小市民的心聲〉，反對學生運動，主張政府應有更大權力以維護社會穩定。
1972年12月臺大舉辦「民族主義座談會」，哲學系副教授陳鼓應反對該文，與學生馮滬祥發生爭執，事後陳鼓應遭撤除導師職務。隨後，陳鼓應及講師王曉波以「為匪宣傳」罪名被警備總部拘留，雖由臺大校長閻振興具保釋放，但陳鼓應未再獲得續聘，王曉波則於1974年6月後不再聘用。
同時馮滬祥因「理則學」課程的期末考試零分無法畢業，對外宣稱遭受迫害而四處陳情，系主任趙天儀遭撤職。1973年8月，客座副教授孫智燊成為代系主任，並指控系內有共產黨同路人，導致系內9位教師聯名向校長告狀。在孫智燊的整頓下，包含趙天儀在內多名教師遭到不續聘處分。
直到1990年代解嚴，臺大哲學系事件的平反工作始得展開。1991年臺大組成調查小組，並由數學系楊維哲教授擔任召集人，1995年委請監察院進行調查。1997年，監察院針對事件提出調查報告，認為有外力介入跡象但無確切證據，並建議教育部應於法令規章及行政措施上維護校園安寧，一切政黨、政治團體、情治單位、軍、警力量都應尊重大學地位，不得恣意在大學內干預行政、鼓動風潮、建立地下組織。陳鼓應、王曉波等人則陸續獲得平反，重回臺大哲學系任教，其他受難人也獲得補償。